创建於清乾隆二十年的妙寿宫，座北朝南，原是一座三开间两进雨厢房式的庙宇建筑，庙的右侧在清同治六年丁卯(西元一八六七年)建百「金万安」号王船室。可惜在民国六十九年庚申，国胜路开辟时，右厢房及王船室被迫拆除，民国七十四年加以修护成为今日的面貌。

尽管庙貌已变，但前殿入口一对蝙蝠石柱，不仅造型特殊，上面还刻有道光十八年丙申(西元一八三六年)水师提督王得禄敬撰的楹联。这两根石柱，原是安平水师五馆之一的「海山馆」所有，日据以後，海山馆功能变异，才移入妙寿宫的。

而嘉庆十一年丙寅(西元一八七六年)为安平守城剿贼有功诸义士而立的「钦命义怀诚忠」匾，则是唯一较具古意的名匾。建筑特色→妙寿宫座向是传统建筑常见的座北朝南略偏西，构造形式为承重墙加柱梁系统的混合构造，柱梁系统为南方特有的叠斗式，承重墙则为砖造再予以粉刷。

前後殿为燕尾屋脊，中间连接马背，内为卷棚顶；三川殿系单檐重脊的三川脊。 蝙蝠柱→檐廊（步口）置有两根花岗石柱，系难得一见的「蝙蝠柱」，花岗材质，原为海山馆所有，柱上刻有蝙蝠（取谐音福）、鹤（取其长寿）及祥云围绕，并题有清代名将王得禄之题联「浪静风平水陆均沾福泽，威灵赫渥军民尽感慈庥」。

正殿大梁彩绘金龙，拱护八卦。而门神秦叔宝、尉迟恭与侧门彩绘三十六官将，别具特色。