安平旧港口海岸，皆是砂质形成地，大雨时洪水由上流带土砂流下，受台湾海峡风浪抵滞，沈积而为细长沙洲，距离现在海事学校二公里的海外，形成左右沙洲，南至台南市下鲲鯓，北连新丰郡安顺庄(现安南区)，虽成港湾，因四季风浪洪水变化异常，两处通水处(即旧安平港口)隔水阔约西百公尺，而港口全为浅者沙洲，常起波浪。

其间虽有水道，但潮汐时最浅处只不过一公尺左右，且时起变化，风浪後水路位置全变，原有旧港口直线向东通至台南市旧运河，受土砂之堆积，於满潮时小舟难行，最後成为台南市排水沟。 旧运河之咽喉盐水溪下流至港口间每受洪水流砂堆积，阻塞舟路，运河之价值大失。乃从事港口改良，民国十一年(西元1922年)新运河开凿，筹建新港口，至民国十三年竣工。在改良工事时，因为工程关系，改筑堤防阻塞水道，使其与盐水溪断缘，但又遭洪水危害，至麻黄林一带，被盐水溪之流砂埋没，淤积为浮陆，因此旧港已不成港口，终不适船舶之出入。 安平港价值已完全丧失，民国二十年（西元1931年），拟於旧港南方一公里，切割鲲鯓半岛连接新运河，开筑安平新港，民国二十四年十月开工，经二年五个月，於民国二十七年三月竣工。

虽然规模不大，但是比旧港口的水深，低潮时水深三公尺，新港幅员一百公尺，台南、澎湖间航行的货客机帆船及船舶，在干潮时可自由出入。港口南北岸兴建有水路护岸，岸端为长160公尺导流堤二条，南北导流堤前端设标识灯。 从此新港取代旧港，暂时恢复安平港原有威势，但是位於新港北端的盐水溪河沙淤塞与河床变动，成为安平港及安平繁荣之致命祸源。每当雨季洪水泛滥，大量淤砂挟至下游，河口填成一片浮陆，至民国三十六年，河道南侵二十馀公尺，几将安平切成两断，新港口与运河淤成浅沟，不但大型船舶无法入港，小型渔舟也只能於涨潮时进出，安平由国内外港货吞吐之盛市变成萧条冷落之小村，安平港也由船舶云集之海港变成小型渔舟出入之浅水道，自此安平港与安平盛势一蹶不振。

安平港系为台南市唯一吞吐港，港市兴衰关系台南市繁荣，民国三十八年，由高雄港务局负贵派船挖泥浚深，但是效果不佳。仅能维持五十吨以下船舶出入，外海泥砂淤塞越来越严重，长久以後将成废港，整建安平港乃今日繁荣台南市急待进行之工作。

安平地形演变 台南附近海岸，由荷兰据台时期起，经郑成功至清道光二年约二百年之期间，安平是和台湾本岛不相连接的小岛，安平与台南海岸之间海面，当时称为台江湾，古代大型舰船均能进出，水深约在五～六公尺左右。

安平为一连串沙洲之一，原名一鲲鯓，安平以南至现在之二仁溪口附近，另有六个沙洲，七个沙洲各称为一鲲鯓至七鲲鯓，安平以北隔一水道，与北线尾沙洲相望，此水道为进入台江湾之要道，荷兰人建筑热兰遮城（安平古堡）扼守。北线尾之北，隔鹿耳门与隙行港沙洲相望，亦为进入台江湾要口。