水仙宫创建於康熙四十二年（西元1703年），位於当时府治的西定坊港口，即为昔日五条港地区的南势港口尾端，是府城水陆交通必经之地。自康熙五十七年戊戌(西元1718年)第一次改建後，迭经增修。乾隆二十七年癸未(西元1783年)北郊绅商再集资重修，并设郊商办事处於此，遂使水仙宫成为当时府城的商业中心，香火也更旺盛。

到民国三十年，日本人施行市区改正计画，将庙宇中、後二殿拆除，光复後，信众合力重建而成今貌。 目前，水仙宫是一座单殿单进的建筑形式，坐东朝西，开三门，门上不绘门神而改用门钉，挢下培仍留存着早年建筑的石料，斑驳芭意，令人激赏。

历来修建多次，部分精美的雕刻木作保留於国立成奶j学历史系文物馆中。建筑特色→属闽式平房，初建为三进大殿，二次大战时，日军为建防空地，拆除水仙宫的後、中两殿，台湾光复後，目前只剩一进，重建成今貌，虽然古意尽失，但其历史价值仍存。

【石碑】庙内壁间的石碑有三块，年代最古的是乾隆30年（1765年），台湾府知府蒋允焄立石的水仙宫清界勒石记，最近的有民国六年（大正六年）庙董立石的重修水仙宫碑记，另有一块是与水仙宫没有关联的石碑，是福建分巡台澎兵备道，为严禁海口舞弊勒索以安商艘事，嘉庆元年四月二十八日发水仙宫张挂晓谕的碑记。门前一对抱鼓石、基座及石础的雕工非常精美，木刻神像、雀替精美。由於大禹为开国君王，所以大门不绘门神，改采门钉形式。